گروهی از جویندگان برای اولین بار به قلب منطقه حفاظت شده هسته ای چرنوبیل نفوذ کردند و سبب ایجاد ماجراها و حوادث بسیاری در این منطقه شدند.نوعی انرژی بی پایان سبب تغییر عمده و ناگهانی منطقه شد.دیگر راه ها قابل اعتماد نیستند،موجودات منطقه تماماً تغییر شکل یافته و هولناک شده اند.در این شرایط STALKER ها در منطقه چرنوبیل گیرافتاده و راه بازگشتی ندارند.آن ها وارد مناطقی می شوند که تا پیش از رخ دادن فاجعه هرگز شناخته نشده بودند...منطقع کاملاً ناامن است و هر روزه از شدت انفجارها کاملاً به لرزه می افتد.
تغییرات عمده ایجاد شده در محیط،تعادل و توازن نیروهای منطقه را به هم ریخته است و STALKER ها در این شرایط وارد منطق نفوذ کاملاً جدید و ناشناخته شده و با موجوداتی عجیب روبرو می گردند.دیگر مانند گذشته دوست و دشمن وجود ندارد؛هر کسی برای خودش کار می کند و جنگ های حزبی میان گروه های مختلف جویندگان آغاز می گردد.
شخصیت اول بازی نیز سربازی مزدور است که در بحبوحه جنگ میان گروه های مختلف جویندگان در منطقه ظاهر می شود.در این حالت،او نقشی کلیدی را در رخ دادن حوادثی که باعث آغاز نسخه اولیه بازی،S.T.A.L.K.E.R.:Shadow of Chernobyl می شود،ایفا خواهد کرد.
چه حوادثی سبب به وجود آمدن فاجعه اتمی چرنوبیل شد؟! دلیل رخ دادن انفجارها چیست؟! چرا منطقه به ناگهان دچار تغییر شد؟! چگونه می توان این ناامنی را در منطقه از میان برد؟! کدام گروه از جویندگان سرانجام موفق خواهند بود؟! استرلوک چگونه از بین رفت؟! پیش از آن چه اتفای برای او افتاده بود؟!... این ها همه و همه سؤالاتی هستند که S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky،نسخه دوم از بازی محبوب S.T.A.L.K.E.R که یک سال پیش از آن به وقوع می پیوندد،پاسخگوی آن خواهد بود... .